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微波热效应是微波与物料直接相互作用，将频电磁波转化为热能的过程。微波杀菌是微波热效应和生物效应共同作用的结果。微波对细菌膜断面的电位分布影响细胞膜周围电子和离子浓度，从而改变细胞膜的通透性能，细菌因此营养不良，不能正常新陈代谢，生长发育受阻碍死亡。
从生化角度来看，细菌正常生长和繁殖的核酸（RNA）和脱氧核糖核酸（DNA）是由若干氢键紧密连接而成的卷曲大分子，微波导致氢键松弛、断裂和重组，从而诱发遗传基因或染色体畸变，甚至断裂。微波杀菌正是利用电磁场效应和生物效应起到对微生物的杀灭作用。实践证明采用微波装置在杀菌温度、杀菌时间、产品品持、产品保质期及节能方面都有明显的优势。
广州志雅工业用微波设备有限公司研制的微波杀菌设备，是一款综合型的设备。微波能的热效应：在一定强度微波场的作用下，食品中的虫类和菌体会因分子极化现象，吸收微波能升温，从而使其蛋白质变性，失去生物活性。微波的热效应主要起快速升温杀菌作用；
微波能的非热效应：高频的电场也使其膜电位、极性分子结构发生改变，使微生物体内蛋白质和生理活性物质发生变异，而丧失活力或死亡。在灭菌中起到了常规物理灭菌所没有的特殊作用，也是造成细菌死亡原因之一。
微波杀菌、保鲜是微波热效应和非热效应共同作用的结果。因此，微波杀菌温度低于常规，一般情况下，常规杀菌温度要120℃-130℃，时间约1小时，而微波杀菌温度仅要70℃-105℃，时间约90-180秒。
食品在生产、保存、运输和销售过程中极易污染变质。通常可以采用高温、干燥、烫漂、巴氏灭菌、冷冻以及防腐剂等常规技术来实现对食品的杀虫灭菌与保鲜，但往往影响食品的原有风味和营养成分。而微波杀虫灭菌是使食品中的微生物，同时受到微波热效应与非热效应的共同作用，使其体内蛋白质和生理活动物质发生变异，而导致微生物体生长发育延缓和死亡，达到食品灭菌、保鲜的目的。
微波能作用于物料内的水分子，使其每秒产生24亿五千万次的震动，分子间互相摩擦产生热量，当物料内的水分子达到一定的温度，会在微波能的作用下，按照一定的迁移方向，由物料内部向表面迁移再扩散至大气当中。微波干燥设备与传统的干燥设备具有很大的差异，传统的干燥设备其干燥是通过热传导，温度由表面慢慢传至内部，这样物料表面的水分开始被干燥，然后逐步由表面向内部干燥。设备主要是采用微波加热技术，将物料连续平铺到设备的输送带上，然后输送到微波加热烘干箱体内瞬间对物料进行加热，达到到一定温度之后，水份就开始汽化蒸发以达到快速烘干的效果。
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