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补给和更新土壤有机质
有机质多少是土壤肥力高低的重要标志。丰富的土壤有机质是作物高产稳产低成本的一个必要条件。因为，施用有机肥料是补给和更新土壤有机质的重要手段。据统计，我国南方耕地土壤中由有机肥转化来的土壤有机质占土壤有机质年生成量的三分之二。据研究，土壤有机质的年生成量取决于每年进入土壤的有机物质数量和各种有机物质的腐殖化系数。
改善土壤理化性状
（1）改善土壤结构性状。有机肥料进入土壤后，经过微生物作用能缩合形成新的腐殖质，与土粒有较强的复合能力，能增加有机无机复合度，***促进土壤水稳性团聚体的形成，有效地改善和提高土壤结构性。据中国农业科学院土壤肥料研究所研究，施用绿肥、秸秆或者两者各半混合施用的，都可增加大于0.25mm团聚体的数量及其水稳性。试验中以绿肥与秸秆各半施用区***杆施用区次之，绿肥施用区居第三位。
（2）改善土壤物理性状。由于由有机质黏结的团聚体疏松多孔，水稳定性很高，吸水而不散开，为细土粒，和水分能同时被容纳在有结构的团粒内部和团粒之间。同时，有机质对土壤渗透度的影响和持水性有密切关系，可增强土壤保水率和毛管持水量，进而降低蒸发量。因此，施用有机肥料易协调土壤“三相(固相、液相、气相)”比例，从而能促进土壤养分转化，有利于作物根系伸展和对养分的吸收，提高土壤含水量，增强作物抗旱能力。对盐碱土来说，还能加速土壤脱盐，抑制返盐，改良土壤，培肥土壤。
提高土壤微生物和酶的活性
有机肥料腐烂分解后，可为土壤微生物的生命活动提供能量和养料，进而促进微生物繁殖，增强微生物的呼吸作用及氨化、硝化作用，还能增强土壤中脱氢酶、蛋白酶、脲酶、淀粉酶等的活性。
提高化肥的利用率
有机肥料中的有机质分解时会产生大量的有机酸。这些有机酸促进土壤和化肥中的矿物质养分的溶解，从而有利于农作物的吸收利用，***提高化肥利用率。
刺激生长，改善品质，提高农作物的质量
有机肥分解过程中生成的一些酸性物质及生理活性物质，能够促进作物的种子发芽和根系生长。加上有机肥料中养分全面、丰富，尤其是含有最适合作物吸收利用的中微量营养元素、糖类、脂肪类及氨基酸等，***改善作物产品的营养品质、食味品质、外观品质和降低食品硝酸盐含量。
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