1886-1888年德国科学家赫尔里格尔(H.Hellriegal)在砂培条件下证明,有机农肥公司,豆科植物只有形成根瘤菌才能固定大气中的氮。1888年荷兰学者贝叶林克(M.W.Beijerinck)分离了根瘤菌,这是微生物肥料方面的突破。现已明确那是根瘤菌的作用。这些细菌的发现,促使了家美国公司纳特尔公司于1898年生产和销售了土壤细菌接种剂。自此以后,就有诸多的细菌制剂用于土壤和农作物种子的拌种和包衣。
20世纪20年代,有机农肥价格,又有一些新的微生物制剂用于大田土壤和农作物,南昌有机农肥,但效果不甚理想。
20世纪40年代,美国颁发了生物杀虫剂许可证,至今已有20多种不同的微生物产品为这一目的而使用。
1937年,苏联微生物学家克拉西尼科夫和密苏斯金研制了“固氮菌剂”。从而了细菌肥料的先河,由于种种原因,这种微生物肥料都先后停止了大规模生产。1940年前后,亚洲研制了一种以蓝细菌(藻类)为主而用于稻田的生物肥料。