冷冻干燥机广泛应用于医药、食品等行业中。以药品冷冻干燥为例，药品冷冻干燥包括中药和西药两部分。在中药方面，冷冻干燥主要局限于人参、鹿茸、等少量中药材的冻干，大部分中成药还没有采用冻干工艺。在西药方面尤其是针剂，冷冻干燥工艺运用较多，不仅提高了药品质量，还能够延长贮存期限。