随着漕运事业的日益发展,天妃庙的香火更加旺盛,原有的殿宇不能满足香客的需求。明嘉靖十四年(1535年),道长周从善主持扩建竣工,请世宗皇帝朱厚熜到庙中赐名--"佑民观",并对观内玉皇阁醮台赐金额——"錫禧"。至此,佑民观代替了天妃庙之名,成为中国道教中"正一道"的重要传承地点之一。
明万历十年(1582年),漕运总督汤世隆,为佑漕运,奏请万历皇帝生母李太后(永乐店人)重修佑民观。李太后慕金花圣母之神,此观又在其家乡,所以多有捐资布施。
清顺治八年(1651年),少年天子福临慕名而来,上香求子,赏银500两修缮庙宇。三年后(1654年),玄烨(康熙)降生,金花圣母可谓灵验。
《清实录》记载,"康熙二十年(1681年)八月己酉,上自南苑驻跸里二泗"。康熙二十八年(1689年),康熙帝率领太子和文武官员亲临佑民观,巡视运河,商定运河修俊方案,御笔亲书"保障漕河",赐予佑民观。现在,佑民观牌楼背面题额,就是康熙皇帝所书。